Att Interface builder är bäst tror nog jag med. Hade annars tänkt föreslå just Omnigraffle som du hade provat.
En nödlösning skulle kunna vara FileMaker Pro som jag jobbar mycket med. I det kan du skapa väldigt trevliga GUI's och du har tillgång till de flesta vanliga sakerna i GUI med ett par undantag (dragreglage finns inte, sådana man använder tex för att ljudreglage och liknande).
I bilden finns verktygsfältet i FileMaker. Jag har dragit ut ett fält och kan sedan ställa in olika typer av värdelistor på det (meny, kryssrutor, radioknappar mm).
Notera även att det finns en hand med ett finger som vilar på en knapp i en rad längst till höger, det är knappverktyget. Längst till vänster i samma rad finns flikverktyget som man lätt skapar flikar med. Jordgloben i mitten är en "webbläsare", man kan rita upp en ruta och i den visa en webbsite, inuti FileMaker.
Nästa steg är ju program som Flash, Flex och Director eller Captivate som alla bör kunna används för det här ändamålet.