Lite svårt att ge råd utifrån så lite information.
Men min erfarenhet är att det allra mesta går att lösa med FileMaker då den kan prata med i stort sett allting som finns på marknaden, förutsatt att det andra systemet kan ta emot kommandon eller importera i något form.
Jag har tex recenserat/testat FileMaker Pro 9 här:
http://www.99.se/tester/220435-test-filemaker-9-ett-stort-steg-fram-t-f-r-integration.html
Jag har sedan kopplat samman FileMaker Pro med en webbshop i MySQL och visat hur man gör det här (en länk finns i testet):
http://www.99.se/filemaker/220424-filemaker-9-0-koppla-ihop-webshop-mysql-med-filemaker-i-praktiken.html
Man kan ladda hem en gratis lösning för småföretagare för FileMaker Pro 9 (kunder, order mm) på denna adress:
FileMaker Pro 9
Jag tycker det är lätt att bygga webbsiter och webbshoppar i två gratis lösningar (båda är OpenSource och kräver PHP och MySQL på webbhotellet) som heter Joomla (CMS, dvs webbsite) och VirtueMart (Webbshop).
Joomla!
VirtueMart: Your free e-commerce solution. - Welcome...
Till Joomla finns det sedan massor med färdiga utseenden (templates) man kan köpa och ladda hem, på det viset får man massor med design för lite pengar, här är min template-leverantörs demo-site:
Joomla Templates - RocketTheme Joomla Templates Club Demo Site
Med allt detta menar jag att du kan bygga webbsite, webbshop genom att installera ett par saker på ditt webbhotell (alla webbhotell fungerar dock inte, läs detta: Joomla-tips - Översikt svenska webbhotell 2008, sedan anpassa den gratis lösningen lite grann och koppla ihop webbshop med FileMaker och vips så har du ett webbsite, webbshop och "backoffice". I det senare kan du från FileMaker skapa fakturor, följesedlar, roligt formaterade textfiler som kan importeras av din logistikpartner eller så kan du skicka ODBC-kommandon direkt till din logistikpartners databassystem osv...)
I teorin i alla fall.
Jo, en länk till en egen site där du kan se vilka funktioner man kan lägga till en Joomla-site, däribland webbshop mm.
CMS-demo - Hem