En sak du måste förstå, som du verkar missa är att MAMP innehåler en helt egen installation av MySQL, PHP och Apache och det finns EN TILL i ditt operativsystem. Du förstår säkert att man inte kan ha samma programvara i datorn på två ställen som är igång samtidigt. Man löser det vanligen genom att Apache och MySQL "lyssnar" på olika portnummer, dessa står väldigt tydligt inuti MAMP. Så när du surfar kan du alltså styra din förfrågan till antingen MAMP på dess portnummer, eller till din inbyggda Apache i operativsystemet på dessa portnummer (det är vanligen 80, alltså default, alltså anger man det inte.)
Att Macen skall vara "enkel på allting" är ett missförstånd, PHP, MySQL går att ladda hem som sapearata installationer och när du installerar dessa så påverkas inte din MAMP av det, det är just separata installationer. Men detta är alltså programvaror som är till för datornördar, så speciellt enkelt är det inte, det är inte meningen heller. Datornördar läser saker som installationsintruktioner, i dessa står det precis hur man gör. Börja här: MySQL :: Developer Zone tex.
Vanligen så finns det med MySQL och PHP och Apache en default-config-fil, att börja om innebär helt enkelt att slänga den fil man pillat i och lägga dit defaulten.
Notera även att pilla i configfiler är något "vanliga" Macanvändare sällan eller aldrig behöver göra, men datornörd-Mac-användare behövrer göra det. Men just i det här fallet, så behöver man inte pilla runt något, installationerna fungerar rakt ur lådan. Både de du kan ladda hem själv från MySQL eller för PHP, men även MAMP (som är helt innesluten i sig själv).
Jag hoppas nu att det är lite klarare!