Gå in i ~Bibliotek/Preferences och leta rätt på filen com.apple.sidebarlists.plist. Öppna den i Textredigeraren och leta rätt på ditt mappnamn. Ta bort stycket som mappnamnet finns i med början vid <dict> och slut vid </dict>. Det finns ett sånt stycke för varje mapp i vänsterkanten, så var noga så du inte tar bort fler än en.
Spara filen och logga ut och in igen. Nu borde mappen försvunnit för dig.