Vet inte om jag tolkar allt fel, men ditt problem låter ungefär som följande:
Mapp>
MittProgram.app
MittProgramData/Filer..
Enklaste sättet att ändra så att ditt program läser filerna med relativa sökvägar till MittProgramdata/Filer är med chdir kommandot..
Spontant borde följande i början av din kod hjälpa:
chdir("../../.."), det gör att programmets default sökväg ändras från samma mapp som mittprogram "exe" filen till Mapp.
Som sagt, hoppas det hjälper och inte rör till det i onödan..