Ifall du inte har erfarenheter av X11 från innan skulle jag rekomenderar dig att installera http://www.gimpshop.net/ istället för Gimp.
"Kan programmen som drivs genom/i/whatever x11 ändå vara binary?" Alla program är binary. Det du menar är Universal binary vilket betyder att de binärerna kan körar på både PowerPC och Intel. X11 binärer (x11 program) kan vara av typen universal.