Anledningen till att du har 2 stycken Digidesign-källor i ljudinställningar beror på att det installeras ett par tillägg (3 st om jag inte minns fel). Jag har för mig att jag sparade "Digidesign in & out"-tilägget och tog bort de andra. Det resulterade i att jag hade ett "digidesign" val i ljudinställningar.
Som du kanske har fattat så hade jag ett Audiomedia III-kort förut och upplevde samma problem som du har. Mitt kort var uppdaterat så det hjälper inte det här problemet.
Jag var också tvungen att hoppa emellan ljudkällorna i OS 9. Hade jag Cubase igång så kunde inget annat ljudprogram (t.ex soundapp) starta eftersom AMIII-kortet "kapades" av den först startade ljudapplikationen.
Hursomhelst, mitt råd är inte att leta efter ett nytt program utan att byta ljudkort. AMIII är en trotjänare, men från och med MacOS 9 och framåt så blev bara mer och mer problemfyllt att använda det.