Din teori stämmer förstås inte, att mappar är märkta med en färg påverkar förstås inte att man blir nedkopplad. De flesta serverprogramvaror har dock inställningar för hur de skall hantera inaktiva användare. Behålla, eller koppla ner efter x minuter. Långt sannolikare om man säger så.
Så den lösning du efterlyser är alltså ingen lösning, men jag har tidigare publicerat ett script som innehåller en snutt som traverserar en mappstruktur och ett annat som innehåller hur man sätter färgen på en mapp:
Inlägg 5 och framåt:
http://www.99.se/mac-os-x/27469-aendra-innehall-i-100-textfiler-med-olika-filnamn-samtidigt.html
Inlägg 1:
http://www.99.se/applescript/101241-applescript-foer-att-maerka-laenkade-bilder.html
Du kan alltså baka ihop dessa två för att få ett script som traverserar alla mappar i en filstruktur och sätter märkningen på dem till ingenting.
Du kan heller inte få upp alla filer i en filstruktur genom att söka på punkt, alla filer har inte punkt i filnamnet. Sedan var det ju mappar du trodde var problemet och inte filer.
Så börja om igen, beskriv problemet, vilket operativssytem det är på server och klient och vad användaren gör när denne blir nedkopplad och vad det är för typ av nätverk.