1. Vad menar du "fungerar med". Det finns ingen direkt koppling mellan de två produkterna, det är lite som att säga - fungerar Word med iMovie?
Men om du menar - "Går det att ladda hem hela WIkipeida och peta in det i en FileMaker-databas?"- så är svaret ja. Du kan se exakt hur i inlägg 10 i denna tråd:
http://www.99.se/filemaker/246550-prestanda-i-soekningar-i-filemakerdatabas-med-miljoner-poster.html
Om du menar: "Är det möjligt att skicka över information från Filemaker till den SQL-kapabla databas (förmodligen MySQL) som ligger bakom en Wikipedia-site", så är svaret återigen ja, du kan se exakt hur i den tråd jag länkade till tidigare, dvs denna:
http://www.99.se/filemaker/220424-filemaker-9-0-koppla-ihop-webshop-mysql-med-filemaker-i-praktiken.html
2. Nja, Wikipedia är inte det lättaste att komma igång med, men det finns gott om information man kan läsa. Du kan ladda hem "originalet" MediaWiki, dvs den programvara som ligger bakom Wikipedia och alla de andra Wiki-projekten och lära dig hur den funkar (både som admin, installatör och som användare) här:
MediaWiki
3. Varje Wiki som de heter i plural, kan jobba mot en egen MySQL-databas. Så ja, man kan ha flera stycken, om man har flera MySQL-databaser.
Dels hara databasen user/pass som man ställer in i en config-fil, dels så kan man i MediaWiki lägga in användare med user/pass och olika rättigheter.
4. Svårt att veta vad som menas med "stor". Det är flera olika programvaror byggda för att göra samma sak. Klart att de är lika i mångt och mycket, men å andra sidan skiljer de sig åt i detaljerna. Det kanske man tycker är jobbigt. Men hur de skiljer sig är ju bara en intressant fråga om du regelmässigt vill använda flera.
Varför inte leta reda på recensioner av de olika programvarorna från dem som jämfört dem? Kanske det finns här: Mac OS X Software Updates and Mac OS X Downloads - VersionTracker eller via en Google-sökning.
Sedan är det väl mest användbart att känna till och jobba med "originalet", dels för att du lätt kan bidra till innehållet på originalet, om andan faller på.
Det finns faktiskt även olika former av Wiki-relaterade extensions till Joomla.
Wiki integration - Joomla! Extensions Directory