Det där händer för att skärmen eller browsern uppdaterar den rörliga flashen men inte de "statiska" menyerna. I princip finns det inget helt säkert sätt att undvika detta att lösa det här utom att göra om layouten, förstås. Jag har sett några hacks nånstans som påstods kunna lösa detta, kanske på www.alistapart.com men minns inte. Kolla där....
EDIT: Det var inte Alistapart. Jag tror det var Macromedia själva. Kolla in den här länken: http://www.macromedia.com/support/flash/ts/documents/wmode.htm
Strunta i att dom snackar om att göra flashen transparent i runriken. Om jag inte minns fel så var det exporten av flash-filen i "wmode" (window mode) som kirrade detta.
Om alla webbläsare klarar av 'et låter jag vara osagt......
EDIT IGEN: Efter att ha läst lite mer här & där: Tydligen funkar ovan nämnda fix inte med alla webbläsare. Det är nåt med flashen som gör att det lägger sig överst i z-ordningen ändå. Det är "bara" att göra om layouten, faktiskt. Annars kommer en massa folk inte att få fungerande menyer eller kunna se flashen (som man väl kanske undrar om den egentligen tillför sådär jättemycket).
EDIT EN GÅNG TILL: http://www.communitymx.com/content/article.cfm?cid=E5141