Jag har mest använt Eclipse för java programmering, och det är ju nice för att det är gratis och det finns mycket plugins till det. Det är inte speciellt svårt att lära sig, även om preferences kan vara lite plottrigt.
Jag har använt NetBeans ganska lite, den har en GUI Builder som verkar rätt schysst, däremot så tycker jag att den verkar ganska dåligt anpassad för OS X typ fonterna ser för jävliga ut och jag har inte hittat hur man ändrar i dem. På något sätt så tyckte jag också att det var lättare att lära sig eclipse.
IntelliJIdea är ett annat java IDE som dock inte är gratis, har inte använt den på ett bra tag nu, men den har också en inbyggd GUi Builder som verkar vara ganska bra.
Men jag skulle nog välja Eclipse framför de andra.