OS X använder XML + funktioner i Cocoa för att läsa konfigurationsfiler, Windows har registret och funktioner för samma sak, så det är mest ett problem i Linux. (och där antar jag att KDE och Gnome har motsvarande lösningar.)
Problemet tror jag är mer grundläggande: alla intressanta program kräver lösningar som operativssystemsskaparen inte kommer vara lika bra på att skapa, eller kommer skapa ett separat programpaket för (jmf Office-paketet, Apples iLife-svit, eller för den delen alla GNU-program).
