Från Apples sida:
Note: These steps back up Mail preferences, but do not back up Mail messages (emails), although you can do that with the .Mac Backup utility.See below if you want to manually back up Mail messages (mailboxes).
Spara hela mappen "Mail" som ligger under Bibliotek i din hemmapp. Där i finns alla brev om du kör POP3, kör du IMAP ligger dom på mailservern.