Du kan nog göra det i Terminalen utan problem, i alla fall enligt de högst ovetenskapliga tester jag just gjort.
cp -Rn /katalog/med/gammal/musik/* /katalog/med/ny/musik/
-R innebär rekursiv kopiering, dvs att cp går nedåt i katalogträdet, -n att den inte skriver över befintliga filer. Bäst är nog att testa i liten skala först innan du släpper loss den på hela din samling.