Du, min pappa hade en liknande problem och jag började importera användare/bibliotek/mail/ (och någon mapp här) och då när importen var klar så dök den "riktiga" mailboxen upp efter en omstart av mail.app.
Det verkade som om kanske den hade funnits där hela tiden men att den inte riktigt fått för sig att synas. den såg alltså helt tom ut, men jag hade mina användarkonton med på sidan.
Jag rensar aldrig min mail heller.