Beror lite på vad du ska göra. Både Motion och After Effects är väldigt kompetenta program vad gäller motion-graphics, om det är det du ska göra. Ska du göra riktig animerad film så bör det vända dig till ett annat program.
Har du idag en maskin som klarar av motion (nyare G4:a eller G5:a, du måste främst ha ett Core Image grafikkort) så skulle jag nästan satsa på att köra det. Enormt prisvärt program.
Dock har After Effects ett enormt mycket större utbud av pluggar och du kan där jobba i 3D.
I den bästa världen skulle jag välja båda, har du snålt med pengar kör Motion, vill du lära dig något mer "bransh-standard-igt" kör AE. Båda löser lite olika problem.