nu har jag bråkat lite med mitt vlc och löst problemet med de icke fungerande MKV filerna
detta kanske inte funkar för alla men det gjorde det för mig!
vad jag knappade mig till var att gå in och ändra "video output module" till OpenGL.
den var inställd på default, något som för mig var en inställning som inte gillade MKV eller andra stora filer (det funkande nämligen inte på något som var i strl runt 4gb).
nu funkar alla mina stora filer och du fixar detta genom att gå in under :
VLC-> preferences ->Video ->Output modules, där väljer du OpenGL video output.
hoppas det löser sig!