det låter som du får extrema prestandaproblem med själva desktopen, jag tänkte att det var främst beräkningsprestandan som haltade...
jag brukar köra matlab via terminalen ('-nodesktop').
annars kör man utan java med:
$ /Applications/MATLAB/bin/matlab -nojvm
man kan plotta osv, men alla(?) GUI-verktyg fungerar ej.
dessutom märkte jag att jag redan hade 'hackat' java.opts med
"-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true" och glömt bort det...
med det hacket är desktopen hyffsat kvickt på min burk. (mac os x 10.5.4 och matlab R2007b)