Be att få prova med adminrättigheter på datorn.
Det är exakt samma i CS2. Inställningsfilerna sparas i det lokala biblioteket som man borde ha fullständiga rättigheter att skriva vad man vill i.
Tyvärr, hur ologiskt det än må verka, måste man vara admin på din dator för att kortkommandona ska sparas efter att man avslutar InDesign.
Jag är till 99% säker på att det löser ditt problem.