jag atnar att du använder syseo tomcat pluginen, mitt tips är att itne göra detta utan bara länka (ln -s) dina projekt till /var/lib/tomcat5.5/webapps (eller vad du nu har din tomcat).
Integrationen funkerar lite halvbra. Oftast funkar det när man skapar projekt själv, men checkar du ut redan existerande projekt över svn så brukar det strula offantligt mycket.
Annars tycker jag maven gör ett jätte bra jobb för att göra det mesta åt dig, maven eclipse:eclipse laddar hem alla libs du behöver och lägger till dom i ditt projekt samt kan använda sig utav jetty för att testa din servlet
