Skumt! Om du använt AppZapper för att ta bort programmet så antar jag att eventuella config-filer och liknande försvunnit i samband med etta, vilket gör att det inte är där skon klämmer.
Vet inte hur det är i OSX men i linux så kan man köra transmission utan dess GUI (kör transmissioncli i en terminal). Se om problemet kvarstår.
Annars finns det väl en hel del bra klienter till OSX?