Vill installera 10.5.5 över 10.5.6?

Nej, inte direkt. Men du gör en arkivera och installera, då kan du få med användare osv.
Har du verkligen en skiva med 10.5.5?
Lycka till!

Använder du Time Machine? Då kan du kanske backa via den.

Har du någon annan backup? Då kan du kanske utgå från den.

Annars blir det nog till att ta fram Leopard-skivan, och köra en "Arkiverna och Installera", och sedan uppdatera till den nivå du önskar (10.5.5).

Ja, om du väljer alternativet "Arkivera och installera" när du installerar, så behåller du alla program och inställningar.

Och till slut ett tips för framtiden:
Före varje större uppdatering, klona din startskiva till en annan disk eller partition (med CarbonCopyCloner eller SuperDuper eller liknande program). Gör sedan uppdateringen. Och om det visar sig att uppdateringen ställer till något, så är det bara att "klona åt andra hållet", så har du exakt samma system som du hade före uppdateringen.

Eller uppgradera till PT 8?

När man kör med Arkivera & Installera så sparas ju det gammla systemet i en mapp på hårddisken, (Mapparna: Apps, Library, System och Users) och detta för mig tar upp ca 15GB vilket är en del på en MBP, och om jag vill slänga det så måste jag skriva in mitt lösenord. Kan man ta bort denna mapp eller är jag för evigt dömd att ha kvar den?

Det kan finnas (jag tror aldrig jag har behövt något därifrån) några inställningar som inte följer med och som man kan behöva kopiera över manuellt från den mappen till det nyinstallerade systemet.

Men när du är "nöjd" med den nya installationen, och du känner att det inte finns något som du kan behöva hämta från det gamla systemet, så kan du ta bort den.

Vilken version av Pro Tools har du? Vilken dator? Mitt grafikkort beter sig underligt, tänkte kolla om det löste sig med 10.5.6 på min G5, men om PTHD inte funkar så är det ju dumt att pröva. Men jag har inte sett någonstans på Digidesign att det inte skulle gå, har du prövat att slänga prefs och allt annat som de rekommenderar?

Perfekt!