Har aldrig gjort detta än, men en vild gisning är att det är en standard varning för att den byter ut gamla iTunes apps och raderar dom från iPhonen som du ev. raderad från iTunes köpta apps.
Skulle inte heller tro att den rensar iPhonens egna apple apps.
Ska väl gå att göra en backup på iPhonen innan du syncar för att kunna återställa om det strular till sig?
Men som sagt, en vild gissning då jag inte gjort detta själv pga av 0(zero) iphone.
Ps, är den Jailbreakad har jag inte ens en gissning att komma med.