Jag antar att du inte publicerar på MobileMe utan på en ftp-server?
I så fall är det enklaste (och framför allt tydligaste) sättet att se hur allt ser ut på din publiceringsplats att gå in via ett vanligt ftp-program (t ex FileZilla) och kolla.
Jämför detta med dina inställningar under "Inställningar för FTP-server"
Sen kan olika ftp-platser leva ett eget liv och stöka till den snygga struktur man vill ha......