Jag tycker ofta att det snabbt blir ohanterligt att bara installera allt rakt av i /usr/local. När du bara installerar olika program fungerar det bra men vad händer om du vill installera två olika versioner av något eller ta bort ett program du redan har? MacPorts har ett ganska bra system som jag brukar rekommendera. Det håller även koll på vilka beroenden som måste uppfyllas och installerar det också.
Själv kör jag med ett separat katalogträd liknande det MacPorts använder. Jag installerar program i /pkg/namn/version och låter en symlänk peka från /pkg/namn/bin till bin i versionen jag oftast använder. Efter att jag installerat eller tagit bort något kör jag ett par script som skapar symboliska länkar i /pkg/bin till de olika programmen i /pkg/program/bin. På så vis kan jag byta version genom att ändra en symlänk. Tar jag bort ett program behöver jag bara ta bort det programmets katalog och köra scriptet som bygger om länkarna i /pkg/bin. Då är det aldrig någon fundering över vilka filer som hör till vilket program. Oftast sparar jag även källkod i /pkg/namn/src tillsammans med config.log så att jag vet vad jag gjorde när jag ska installera en ny version.
Det finns naturligtvis många andra sätt att göra på. Vill man inte hålla på och pilla själv utan bara att det ska fungera är MacPorts utmärkt.