Ok... det finns en funktion i After Effects som heter Pre-Compose på engelska. Vet inte vad den svenska översättningen är.
I menyn Lager hittar du det säkert.
Sen markerar du alla lager du vill "isolera" och väljer Pre-Compose (SHF+CMD+C, tror jag).
Då bryter du ut en egen komposition med dessa lager och dina effekter "spiller inte över" på andra lager.