Jag har aldrig kört MATLAB och vet inte hur du startar det.
Det borde fungera om du startar programmet i samma fönster som där du sätter variabeln. T.ex.
$ export TTKERNEL=/Users/.../truetime-1.5/kernel
$ echo $TTKERNEL # Stämmer variabeln?
$ ls $TTKERNEL # Finns det något på den pathen?
$ /path/to/program/mathlab #Starta mathlab (eller vilket kommando du nu använder)
Alltså, alla kommandon, inklusive det som startar MATLAB i samma session.
Att programmet sedan med hjälp av X11 öppnar nya, egna fönster har ingen betydelse.
Environment-variabler är (normalt) inte globala.
/Per