Xcode är faktiskt exakt samma.
Skillnaden är att den ena nedladdningen bara innehåller SDK för Mac OS X, och den andra innehåller SDK för både Mac OS X och iPhone OS.
Oavsett vad du väljer får du Xcode (själva programmet), allt du behöver för att utveckla för Mac OS X inklusive Java-program, och alla verktyg som följer med.
Så om du inte är intresserad av iPhone ska du välja Mac-only.