Det är inget problem få hårddisken att bara stå och stampa genom att höja connections i Transmissions (gäller väl även andra Torrent-program)
Sedan brukar det vara inledningen på ett hårddisk-ras som ger badboll.
Du kan också ha alltför lite RAM i maskinen för vad du lastar den med.
4GB är väl en grund i dagsläget, 8 är väldigt mycket bättre.
Utan tillräckligt med RAM så blir det mkt som går åt i Swap...
Du kan ha ngt som inte är friskt i programväg, det kan vara Flash, Spotlight som fått fnatt och skall indexera kontinuerligt.
Andra kan säkert fylla på med mer idéer.