Prova att flytta com.apple.universalaccess.plist. Där lagras bland annat egna kortkommandon har jag för mig och kanske det är något sådant som spökar.
Annars prova flytta på alla preferences som inte låter alltför långsökta (undvik mail och annat som kan vara stökigt att återställa om nåt händer) . Starta om och se om alt-tangenten funkar i något simpelt program typ Textredigerare. Om det fungerar, stoppa tillbaka preferences en och en eller klumpvis och testa om det fortfarande fungerar. Till slut hittar du den felande filen. Släng!
Annars, starta på ny kula. Installera om systemet eller flytta till ett nytt "rent" användarkonto. Kan dock vara jobbigt om man har många program man riskerar att aktivera på nytt om man inte vet vilka filer som behöver backas upp.
(Ursäkta mitt illa formulerade svar, är på språng!)