Har du kryssat i att itunes hanterar musiken så kommer all din musik läggas under "musik" -> "itunes" -> "itunes music". Där kommer all din musik ligga. När den gör det är det bara och radera dina gamla mappar!
Så är det på windoze så är det på Mac.
Som svar på andra frågan hade jag nog raderat all data i i itunes systemet för att undvika dubbletter eller liknande "fel". En ny fräsch start på livet