Flyttat hela biblioteket till andra datorn men vill inte ha det så.

iTunes placerar automatiskt din musik på det sätt som du har upptäckt att den gör. Så länge du har automatisk hantering av dina filer så är det inte så mycket som du kan göra åt detta. Däremot kan du aktivera manuell hantering (Preferences -> Advanced -> "Keep iTunes Media folder organized") och får då möjligheten att placera dina filer som du själv önskar. Där kan du också se till så att inte varenda filer du lägger in i iTunes läggs in i iTunes eget filbibliotek (det som du hittar under Music i din hemmamapp).

@show: Eftersom det verkar som att du är ny på Mac, kan jag skriva lite hur Apple har tänkt sej det hela (vilket förstås inte alls behöver betyda att du vill ha det så).
iTunes sorterar all musik i en databas. Hur låtarna ligger fysiskt/logiskt på hårddisken har ingen betydelse. Men för att förenkla för den vanlige användaren läggs musikfilerna i hemmamappen:musik:itunes, sorterade på Artist. Under varje Artist ligger de olika Albumen, och under varje Album de olika spåren (som du redan har märkt).
När du hade flyttat över hela iTunesmappen till Macen hade nog det enklaste varit att radera allt i Biblioteket i iTunes (det är bara länkar till var filerna ligger), och sedan dragit in din itunesmusikmapp från din hemmamapp, direkt ovanpå iTunes. Då hade den byggt upp hela databasen på nytt, med nya länkar till var musikfilerna egentligen ligger. Hade du skrivit in egna metadata hade dock dessa försvunnit då.
Man kan förstås göra som man själv vill istället för som Apple avser, med inställningen som Tobias Schelin skrev ovan.

Spelar det någon roll hur många mappar där är? Man går ju aldrig in i dem ändå.