Hyperthreading är helt transparent för operativsystemet, så det finns ingen inställning att göra på den nivån. På vissa datorer kan man stänga av HT på bios-nivå, men i så fall ser operativsystemet bara de fysiska kärnorna.
En möjlighet i ditt fall är att programmen inte kör mer än fyra trådar, vilket ju gör det omöjligt att utnyttja mer än fyra kärnor.