Om du räknar med att filerna inte kan hinna upp till över 1GB räcker det med att du modifierar grep mönstret till "[2-9][0-9][0-9]M", för att täcka in allt från 200M upp till 999M.
Alltså:
$a = shell_exec('du -hs * | grep "[2-9][0-9][0-9]M" | sort -n -r');