För att sortera en fil kan du köra
sort -o nytt-filnamn filnamn
Om du vill sortera enligt kolumn n kör du istället
sort -k n -o nytt-filnamn filnamn
Säg att du har fyra kolumner och vill kasta om kolumn 1 och 2, då kör du istället
sort -k n filnamn | awk -F \\t '{print $2 FS $1 FS $3 FS $4}' > nytt-filnamn
Lägg bara till FS $n för de kolumner som du vill ha med i resultatet.