Jag gjorde en uppgradering 10.7 > 10.8, inte ren installation.
När jag öppnade Mail första gången stod det uppdaterar maildatabasen, eller något liknande, men det gick väldigt fort.
Nu kan jag konstatera att:
1) Jag har ingen com.apple.mail.plist i ~/Library/Preferences (bara en överbliven com.apple.mail.plist.lockfile med skapelsedatum från när jag installerade Lion för ett år sedan)
2) Däremot finns det en com.apple.MailMigratorService.plist med skapelsdatum från i morse när jag uppgraderade till 10.8. Innehåll:
<key>appleScriptFilesMigrationDone</key>
<true/>
<key>mailDownloadsFileMigrationDone</key>
<true/>
3) I ~/Library/Mail/V2/MailData finns en nyskapad Accounts.plist
Summa summarum så har nog mindre förändringar skett i filstrukturen och några migrationsscripts körts. Pröva att importera brevlådorna till Mail istället. Har du IMAP är det ju bara att synka ihop med servern igen. I värsta fall får du kanske ange kontoinställningar igen. Eller om du har synkat epostens kontoinställningar med iPhone kan du kanske få tillbaks dem den vägen?