Det beror lite på vad du menar med tar bort dem för gott. När en fil tas bort raderas den normalt inte från hårddisken, utan markeras som borttagen, dvs operativsystemet vet inte att den finns på hårddisken, det utrymmet filen tar upp är markerat som ledigt. Vilket är helt OK så länge du inte ska sälja datorn. Filen kan nämligen plockas fram igen med speciella program. Men det är inget som stör din dator, eftersom operativsystemet tror att den är borta.
Sedan har program oftast lite olika filer på olika platser (t ex .plist-filer), där inställningar sparas. För att slippa leta reda på dessa, och radera dem manuellt, brukar jag köra AppCleaner. Den försöker ta bort alla filer som tillhör programmet du vill ta bort.
Onyx gör väl, mej veterligen, inget speciellt som inte operativsystemet gör själv, vid de vanliga städrutinerna, dagligen, veckovis och månadsvis. Det ligger i själva UNIXsystemen att de städar själva.