Jag har också haft dessa problem på de bärbara. Var 2-3 månad har man fått börja om på nytt med backupen. Min iMac och Mini har funkat bra. Jag har löst det genom att i Time Machines inställningar på de bärbara stänga av automatiska backuper och istället alltid dra igång manuellt ('Säkerhetskopiera nu' från menyraden) och då alltid se till att backupen får gå klart innan jag stänger locket och låter maskinen vila.
Jag tror att problemen kan bero på att man kanske avbryter backupen vid känsliga ögonblick när man har automatiken igång och obetänksamt slänger igen locket och stänger ner datorn utan att backuppen får gå klart.
Efter att jag börjat köra manuellt så har jag inte längre haft några problem.
Jag använder Netatalk 2.2.1 på en Fedora 15 Linux-PC som min Time Machine-server. Det är förmodligen också Netatalk som används till Time Machine i din Synology-NAS.