Ha - satt just också och gjorde samma sak! Hittade och prövade i iBooks meny Arkiv > Flytta böcker från iTunes.
Första gången jag gjorde det försvann alla spök-pdf:er utom en. Det sista spöket försvann när jag hade synkat med telefonen och sedan kört Flytta böcker från iTunes en gång till.
Sedan till problem 2. Pdf:er och böcker som man lagt till i iBooks på iOS går inte att synka till iBooks på OSX via iTunes. Jag hade exempelvis en e-bok som jag öppnat i iBooks på telefonen via en direktlänk i ett gratiserbjudande. Den hade jag ingen annan stans och kunde inte få den till någon annan stans heller. Går inte att maila, och fast man ser den i iTunes under "På denna iphone - Böcker" så går det inte att kopiera/dra någon annan stans. Jag hoppades att det i mitt fall var att synken inte slutfördes på grund av spök-pdferna som gjorde att det strulade, det verkar ju hjärndött annars. Men tidigare trådar här på 99mac och andra ställen säger att det inte går.
Det gör det! I iTunes välj menyn Arkiv > Enheter > Överför inköp från [enhetens namn].
Intuitivt och enkelt? Nej, Idiotiskt!