Kolla om du har några videos på x antal minuter, dessa tar upp massor med plats.
Om du går in i inställningar så kan du där hitta till vad exakt som tar plats.
Men jag skulle gissa (utan att ha sett det) att du har videos som äter upp utrymmet, på en iPhone 6 jag tittade på precis så tog 6 minuter video upp ca 800MB, då räcker inte 16GB långt tillsammans med allt annat.
16GB utrymme är verkligen för lite på en iPhone/iPad om man inte håller efter och frigör utrymme hela tiden (synkar till någon online-tjänst och sen tar bort från telefonen).