Alla mail sedan 15 mars 2015 har försvunnit - sedan kommit tillbaka....

Jadu svårt att säga, jag hade för många år sen ett liknande problem när jag skulle migrera och använde flytt assistenten. Flyttade sendan mina mail manuellt från ~/Library mappen.
Skulle gissa att något har hänt med någon av filerna där, verkar ju dock som om mail reparerar sig självt nu för dig.

Du har inte gett en grundläggande information: hämtar du mail med POP eller synkar du med IMAP?

Då ska du inte bygga om eftersom din mailklient då kommer återspegla vad som finns på servern.
Självfallet ska man alltid göra en säkerhetskopia först innan man labbar med "skarp data" där dataförlust kan bli resultatet.

När du har all data säkrad kan du ju vara trygg i att det värsta som kan hända är att du får lägga ett par timmar på att migrera från backupen tillbaka in i mailen.

Hur går det här ihop...?

I ena inlägget säger du att mejlen inte finns kvar på servern. I nästa säger du att du kör IMAP, där principen är just att mejlen ligger på servern, och att den lokala mejl-klienten bara speglar vad som finns på servern.

Jag tänker att det som hände kanske inte alls hade med din dator att göra, utan kanske var något strul på Yahoo-servern där mail försvann men kunnde återställas från deras egen backup? Och eftersom du synkar via IMAP avspeglades förändringarna hos dig. I så fall behöver du inte göra något, bra att du har egen backup.

Alternativt - eftersom du hade lite strul innan mailen försvann - har din mailklient själv initierat en ombyggnad av en brevlåda (vet inte om det är möjligt)

I vilket fall, om allt funkar nu - gör inget. Oklart dock varför du har mail lokalt som inte synkar upp till servern. Menyn Brevlåda > Synkronisera > [välj server] borde fixa det.

Förutom att bygga om brevlådan (vilket raderar lokala mail vid IMAP) kan man tvinga mailklienten till en lokal reindexering av databasen om man tex har problem med sökfunktionen.