/users/<dittnamn>/library/preferences/com.apple.mail.plist
Borde vara den men jag är ej 100%. Gör en backup på den, ta därefter bort filen och testkör mail.app.
EDIT: Nej, där lagras alla mails inställningar, inklusive konton, brevlådor osv.
Hur ser det ut under "Inställningar: Skräppost: Avancerat" för din del då Pelle? Har du justerat någonting där?
Om du får mycket skräppost av en viss kategori så kan du ju göra några enkla inställningar där själv till att börja med. Tex. filändelser, ord som mailen innehåller, adresserat till, osv osv.
Jag tycker dock att det är mycket märkligt att det ej går att lära upp mail.app igen. Skall klura lite över det där tills imorgon. Sovdags nu (0410).