Jag fick aldrig några svar på detta, är det ett ovanligt problem?
Anyway, såhär har jag löst det hela:
1) Ladda hem ordbehandlaren Tex-Edit Plus
2) Ladda hem scriptet Make search & replace script
När programmet och scriptet är installerat är det bara att skapa ett dokument med de ord som ska ersättas, enligt följande modell
...och så vidare, en sökning per rad.
Kör sedan scriptet "make search and replace from list" från scriptmenyn för att skapa ditt eget script som du i framtiden kan köra på dina dokument. Funkar bra för mina behov, dock endast på enstaka ord eftersom mellanslag/tab är skiljetecken mellan sök och ändra.