Det där med ./ är en säkerhetsgrej, för att inte man av misstag ska råka köra ett program i katalogen man är i. Tänk om där låg ett program som hette ls!
För att kunna köra matlab automatiskt kan du lägga till följande i en fil som heter .profile i din hemkatalog (om du kör bash)
PATH=/Applications/MatlabR13/bin/:$PATH
Eller var du nu har matlab...