Jag vet inte om din fråga gäller någon kontotyp som jag inte använder, men för pop-konton är det väldigt enkelt att svara, så jag gör det...
Om du öppnar inställningarna i Mail, väljer "Konton", markerar det konto det gäller i listan till vänster samt klickar på "Avancerat" kan du där välja när du vill att kopia skall försvinna från servern. Klicka först för "Radera kopia från servern efter att ett brev hämtats:" och välj därefter i drop-down-menyn när du vill att den skall försvinna. (När du raderar det lokala brevet finns inte ens som alternativ.) Där finns även en knapp med texten "Ta bort nu" som tar bort alla mail från servern som hämtats hem till datorn.