<projektnamn>.build innehåller tempfiler från bygget, bland annat objektfiler innan de länkats samman, olika index etc. Om du tar bort den kommer den återskapas automatiskt nästa gång du bygger.
Varför du har en fil som heter ".scpt" i den bundle kan du nog bara själv svara på. Det är inget som genereras Xcode, för jag har då inga sådana i mina produkter. Du kanske har en build phase som installerar något AppleScript?
I alla fall, bygg med Deployment (eller "Release" i Xcode 2.1). Default för den konfigurationen är att ZeroLink är avstängt (vilket är varför ditt program bara går att starta på din dator från Xcode när du bygger Development/Debug), samt slå på optimeringsflaggor och slå av viss debugsymbolinformation.