Kortfattat:
Jag duplicerade httpd.conf. De direktiv som behövde ändras var:
PidFile, Port, Load/AddModule, samt eventuellt även logdirektiven, men det struntade jag slarvigt nog i. Vhost-direktiven har jag i en separat fil som inkluderas från bägge konfigureringarna.
Sen gjorde jag så att jag duplicerade apachectl och ändrade parametrarna PIDFILE och HTTPD.
HTTPD kan då sättas till, i mitt fall, "/usr/sbin/httpd -f /private/etc/httpd/httpd2.conf". Man skickar alltså med en flagga som talar om var den nya konfigureringsfilen ligger.
Vill man sen att allt ska dra igång vid uppstarten får man även duplicera StartupItems (eller göra ett launchd-item om man kör Tiger...)