Oj, skumt det där.
Om du inte gjort det innan så prova att radera filen "com.apple.spotlight.plist" i din Inställningsmapp och starta om. Annars är det helskumt att den beter sig så där med nyskapade index-filer.
Du har inte installerat någon Spotlight-plugin (filer i mappen Library/Spotlight med ändelsen .mdimporter) som kan ställa till det?