Har inte stött på ditt problem, men min första tanke är om möjligtvis alternativet för automatisk ljudnivå är påslaget i iTunes inställningar (inställningen som gör att volymen normaliseras över låtar man spelar).
Eventuellt långsökt, men det kan hända att det spökar just med AirPort Express på något sätt. Prova att stänga av det (är på som standard).