Jag har följande teori. (Eller, jag vet att jag har rätt)
När du gör "Main-out"-kanalen till mono (via den lilla symbolen) så skickas fortfarande signal från kanalerna till den högra "Main-out"-kanalen.
Om du tittar på de "vanliga" kanalerna i Logic så ser du att "Output", under I/O, alltid skickas till ett kanalpar oavsett om du gjort "Main-Out" till ett monospår eller inte.
Om du använder EQ på den vänstra "Main-out"-kanalen så hör du fortfarande den icke EQ-ade högra "Main-out"-kanalen och vänsterkanalen samtidigt i mono, därav fasfelen du hör när du ändrar EQ'n.
När du sedan ändrar tillbaka Main-Out till ett Stereo-spår så bypassas den EQ du lagt på vänsterkanalen, därav låter båda kanalerna lika.
I Logic fungerar det så att om du har en mono-kanal med effekter på och du gör ett stereo-spår av den kanalen så försvinner effekterna tills dess att du gör kanalen mono igen.
Däremot så är det inte möjligt att skapa en mono-mp3 i Logic i dess bokstavliga mening. När du väl kommer till "bounce"-alternativen så har du bara stereo att välja mellan (förutom surround). Så oavsett om din låt är i mono och du enbart bouncar via left-kanalen så kommer mp3:an från Logic i alla fall att bli en stereo-mp3, fast med mono-material.
Och om det är godtagbart, att mp3:an blir stereo (du har ju trots allt inget val) men att materialet är i mono så är det nog bättre för ljudkvalitén om du använder "Monomaker"-funktionen som finns i den inbygda Logic-pluginet "Gain" som du hittar under "Helper"-kategorin.
Ett annat sätt att göra en mono-fil är att hårdpanorera alla "vanliga" kanaler i Logic åt vänster, göra "Main-Out" till mono och bounca den vänstra kanalen. I och med att man hårdpanorerar alla kanaler åt vänster så "sipprar" inget ljud över via höger "Main-out"-kanal.
Men du har fortfarande problemet att Logic inte stöder mono-bouncar. Inte ens för AIFF eller Wave (eller mp3). Så om du skulle använda dig utav hårdpanorerings-varianten beskriven ovan så blir bouncen ett stereo-spår med ljud endast i vänster kanal. Ett sätt att ta sig runt detta är att göra en AIFF-bounce och välja "Split (L + R)". Då skapas nämligen två filer vid bouncning, en Left och en Right. "Left"-kanalen innehåller då ljuden och Right-kanalen är tyst. Då har du fått en mono ur Logic (vänster-kanalen) som du kan göra om till en mp3-mono via iTunes.
Nu kanske det blev lite rörigt, men klockan är trots allt 05.50 och jag har haft svårt att sova.
Men om målet är att skapa en mp3:a i mono så skulle jag bounca ner en AIFF-stereo med plug-inet "Gainer" och dess "Monomaker"-funktion på "Main-Out" och sedan göra en mono-mp3-komprimering av bouncen via iTunes.